При установке опция Добавить в автозагрузку игнорируется и вместо неё читается опция Ярлыки для всех пользователей, что приводит к тому, что при установке ярлыков для всех пользователей происходит также добавление в автозагрузку.

Это касается только версий 3.1.0.x.